定制型生物安全柜的控制系統用于監控生物安全柜的各項操作數值，及時發現任何故障和誤操作，以聲光警報通知用戶采取措施，并自動采取相應的聯鎖安全措施。系統帶有溫度補償功能的流速傳感器，可以測定真實的氣流流速，包括進氣流、下沉氣流和外排氣流（B2）；LCD液晶顯示屏實時顯示氣流流速/流量。對氣流流速過低或不安全前窗高度，系統都會發出聲光警報。
如何正確使用定制型生物安全柜？
（1）垂直可移動窗開啟與關閉應輕便，在行程范圍內的任何位置不產生卡死現象，不應有明顯的左右或前后晃動現象，滑動應順暢。開關、按鍵的操作應靈活可靠，零部件應緊固無松動，指示正確。
（2）工作前預先放好實驗材料、不要放置過多器材。
（3）從清潔區到污染區平行擺放、標本放左試劑等放右。
（4）在開始工作前到完成工作后，應至少讓安全柜工作4分鐘來完成“凈化”過程。
（5）在工作區域工作、生物安全柜處于正常工作狀態時，不應有明顯的機震聲。
（6）不阻斷前后空氣格柵、減少干擾氣流。
（7）及時清潔和消毒溢出。
（8）用一次性接種環、電加熱器滅菌接種環。
（9）操作過程中廢棄物放在生物安全柜內。
（10）不宜在生物安全柜內使用明火，明火易造成氣流動蕩，破壞高效過濾（HEPA）起源吹向臺面的模式。
（11）按照使用說明書指導正確使用和維修。
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